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CRISPR-P v2.0

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C R I S P R P v 2 . 0 S t a r t D e s g i n C o n t a c t U s H e l p H o m e S u b m i t D e s i g n u p l o a d S e a r c h H e l p N e w s C o n t a c t C R I S P R P 1 . 0 C R I S P R L o c a l C R I S P R C e r e a l C R I S P R P 2 . 0 : a n i m p r o v e d C R I S P R / C a s 9 t o o l f o r g e n o m e e d i t i n g i n p l a n t s i f y o u h a v e a n y p r o b l e m s o r w a n t a n y p l a n t g e n o m e t o b e a d d e d t o C R I S P R P 2 . 0 , p l e a s e v i s i t t h i s g i t h u b r e p o s i t o r y ( C R I S P R P 2 . 0 ) a n d m a k e a n i s s u e . C R I S P R ( C l u s t e r e d R e g u l a r l y I n t e r s p a c e d S h o r t P a l i n d r o m i c R e p e a t s ) i s a n a c r o n y m f o r D N A l o c i t h a t c o n t a i n m u l t i p l e , s h o r t , d i r e c t r e p e t i t i o n s o f b a s e s e q u e n c e s . 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C R I S P R s p a c e r s r e c o g n i z e a n d s i l e n c e e x o g e n o u s g e n e t i c e l e m e n t s i n a m a n n e r a n a l o g o u s t o R N A i i n e u k a r y o t i c o r g a n i s m s . R e c e n t A d v a n c e s i n G e n o m e E d i t i n g U s i n g C R I S P R / C a s 9 ( m o d i f i e d f r o m D i n g e t a l . , 2 0 1 6 ) . C R I S P R P 2 . 0 d e s i g n t o o l b a s e d o n w e p r e v i o u s l y w o r k o f C R I S P R P ( L e i e t a l . , 2 0 1 4 ) , w h i c h i s o n e o f t h e m o s t p o p u l a r t o o l s f o r s g R N A d e s i g n i n p l a n t s . A s C R I S P R / C a s 9 t e c h n o l o g y h a s e v o l v e d r a p i d l y i n t h e p a s t t w o y e a r s , a n u p d a t e d p l a t f o r m , C R I S P R P 2 . 0 p r o v i d e s w e b s e r v i c e f o r c o m p u t e r a i d e d d e s i g n o f h i g h l y e f f i c i e n t s g R N A w i t h m i n i m a l o f f t a r g e t e f f e c t s . 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I t s u p p o r t s t o d e s i g n g u i d e s e q u e n c e s f o r v a r i o u s C R I S P R C a s s y s t e m s l i k e C p f 1 ( Z e t s c h e e t a l . , 2 0 1 5 ) a n d v a r i o u s C a s 9 e n d o n u c l e a s e s . A c o m p r e h e n s i v e a n a l y s i s o f t h e g u i d e s e q u e n c e i s p r o v i d e d , i n c l u d i n g : G C c o n t e n t , r e s t r i c t i o n e n d o n u c l e a s e s i t e , m i c r o h o m o l o g y s e q u e n c e f l a n k i n g t h e t a r g e t i n g s i t e ( m i c r o h o m o l o g y s c o r e ) , a n d t h e s e c o n d a r y s t r u c t u r e o f s g R N A . I d e n t i f i c a t i o n o f s g R N A f r o m c u s t o m s e q u e n c e s i s a l s o p r o v i d e d . I f u s e r ’ s g e n o m e / s e q u e n c e i s n o t l i s t e d i n t h e s e l e c t a b l e g e n o m e s , i t a l l o w s u s e r s t o u p l o a d c u s t o m s e q u e n c e s a n d i d e n t i f y s g R N A s . V i s i t t h e o l d v e r s i o n o f C R I S P R P R e f e r e n c e 1 . Y a n g L e i , L i L u , H a i Y a n g L i u , S e n L , F e n g X i n g , L i n g L i n g C h e n * . C R I S P R P : A w e b t o o l f o r s y n t h e t i c s i n g l e g u i d e R N A d e s i g n o f C R I S P R s y s t e m i n p l a n t s . M o l P l a n t , 2 0 1 4 , 7 ( 9 ) : 1 4 9 4 1 4 9 6 . d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / m p / s s u 0 4 4 . 2 . Y u d u a n D i n g , H o n g L i , L i n g L i n g C h e n * , K a b i n X i e * . R e c e n t a d v a n c e s i n g e n o m e e d i t i n g u s i n g C R I S P R / C a s 9 . F r o n t P l a n t S c i . , 2 0 1 6 , 7 : 7 0 3 . P M C 4 8 7 7 5 2 6 . 3 . H a o L i u , Y u d u a n D i n g , Y a n q i n g Z h o u , W e n q i J i n , K a b i n X i e * , L i n g L i n g C h e n * . C R I S P R P 2 . 0 : a n i m p r o v e d C R I S P R / C a s 9 t o o l f o r g e n o m e e d i t i n g i n p l a n t s . M o l P l a n t , 2 0 1 7 , 1 0 ( 3 ) : 5 3 0 5 3 2 . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l p . 2 0 1 7 . 0 1 . 0 0 3 . 4 . J i a m i n S u n , H a o L i u , J i a n x i a o L i u , S h i k u n C h e n g , Y o n g P e n g , Q i n g h u a Z h a n g , J i a n b i n g Y a n , H a i J u n L i u * , L i n g L i n g C h e n * . C R I S P R L o c a l : a l o c a l s i n g l e g u i d e R N A ( s g R N A ) d e s i g n t o o l f o r n o n r e f e r e n c e p l a n t g e n o m e s . B i o i n f o r m a t i c s , b t y 9 7 0 , h t t p s : / / d o i . o r g / 1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t y 9 7 0 5 . C h a o H e , H a o L i u , D i j u n C h e n , W e n Z h a o X i e , M e n g x i n W a n g , Y u q i L i , X i n G o n g , W e n h a o Y a n * , L i n g L i n g C h e n * . C R I S P R C e r e a l : a g u i d e R N A d e s i g n t o o l i n t e g r a t i n g r e g u l o m e a n d g e n o m i c v a r i a t i o n f o r w h e a t , m a i z e a n d r i c e . P l a n t B i o t e c h n o l J . 2 0 2 1 N o v ; 1 9 ( 1 1 ) : 2 1 4 1 2 1 4 3 . d o i : 1 0 . 1 1 1 1 / p b i . 1 3 6 7 5 V e r s i o n C R I S P R P v 1 . 0 r e l e a s e d M a r c h 2 7 t h , 2 0 1 4 . A u t h o r : B i o I n f o V e r s i o n C R I S P R P v 2 . 0 , y o u a r e t h e 5 6 8 9 6 1 7 v i s i t o r r e l e a s e d O c t o b e r , 2 0 1 6 . A u t h o r : B i o I n f o C o p y r i g h t © 2 0 1 2 ~ 2 0 1 6 N a t i o n a l K e y L a b o r a t o r y o f C r o p G e n e t i c I m p r o v e m e n t a n d C e n t e r f o r B i o i n f o r m a t i c s , H u a z h o n g A g r i c u l t u r a l U n i v e r s i t y . A l l r i g h t s r e s e r v e d .